| 1对某些国有企业的垄断保护会侵犯消费者利益
“这个问题的实质其实就是《反垄断法》与私人诉讼之间的关系，具体来说，就是要考虑到，假如大型央企或跨国企业打着国家安全的幌子而‘滥用’权利，受到侵害的消费者或其他经营者可以通过怎样的程序来诉诸执法机构？”中国政法大学教授、博士生导师时建中提出这样一个疑问。
从国际角度来看，针对这一问题，2003年，欧盟已经开始鼓励私人诉讼，通过民事赔偿机制来反垄断。然而，此次《反垄断法》又恰恰没有做出有关私人诉讼的规定。
2中国行业协会成为实际意义上的“卡特尔”
近年来，伴随中国企业“走出去”，应对反倾销、反补贴等成长起来的中国行业协会，日益引起了国际经济界，尤其是跨国公司的关注。他们担心，这些行业协会有可能成为实际意义的“卡特尔”。
各国反垄断法一般把基于固定价格、限制数量、分割销售市场和串通招投标签订的垄断协议称为“核心卡特尔”，“国际经验表明，核心卡特尔的这些活动最容易滋生形成的基地就是行业协会”，美迈斯国际律师事务所的布内森博士告诉记者，“因而，在现在的美国，行业协会开会能够说什么、不能说什么，以及必须规避讨论的问题，法律是有严格规定的，其目的就是防止行业协会形成价格同盟，导致垄断。而在中国，新兴的行业协会似乎有很大的作为空间，目前还没有这方面的法律限制，在外资眼里，其背后潜藏着巨大的威胁。”
3违规惩罚难以起到相应效果
关于“反垄断法草案”中有关法律责任的规定，人大常委会委员王祖训在第二次审议时就曾指出，“第7章法律责任，第45条、第46条、第47条规定的罚款数额，我觉得太少了，因为能够形成垄断的都是一些大型的或者特大型的企业，罚少了对它们没有什么作用。建议再好好研究，加大数量，严重的该罚几千万元。”
王祖训表示“在‘给他人造成损失的，依法承担民事责任’一款的后面应加上‘情节特别恶劣的，应该承担刑事责任’。”
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