| 国家体育总局下属公司提取个人奖酬金1.31亿元
2002年底和2003年初，国家体育总局决定，由体育彩票管理中心，体育总局服务中心所属华体实业总公司，体育报社及31个省(自治区、直辖市)体育局所属单位共同投资持股，成立中体彩科技发展有限公司和北京中体彩印务技术有限公司，并将按体育彩票年度销售额3%集中收取的发行费，留下0.2%作为彩票管理中心基本费用，其余2.8%全部拨付给两公司运作。
2003年和2004年，体育彩票管理中心共付给两公司彩票发行费9.69亿元，扣除全部成本费用，两公司获利高达5.58亿元。
经体育总局批准后，中体彩科技发展有限公司已支出1.3亿元购买一栋综合楼，拟部分用于对外出租；此外，两公司提取个人奖酬金1.31亿元。
彩票管理中心负责人在担任原体育总局体育彩票协调工作领导小组成员兼办公室负责人及北京中体彩印务技术有限公司董事长期间，与私企联手造假，2003年2月至2005年1月造成国家彩票专项资金流失2341.26万元。
国家体育总局在北京体育大学国家队训练设施建设项目——塑胶田径场工程和变电室工程2003年已获国家发改委批复的情况下，2004年10月，又重复批准并安排上述两个项目资金1947万元。
2002年，国家体育总局所属北京体育大学虚报维修项目，以并不存在的网球馆申请“网球馆改造”项目预算300万元，2003年又申请追加200万元。国家体育总局均批复同意，并将款项拨付给北京体育大学。
中国民用航空总局私设8千多万元的小金库
1991年起，民航总局有关部门隐匿下属单位上缴款项、截留购建职工宿舍结余款等，私设“小金库”。截止2005年1月，累计收入8784.33万元，累计支出4808.05万元，主要用于发放职工补贴和为部分职工购买商业保险。
截止2004年底，民航总局向原所属企业收取的用于弥补机场亏损、还贷补贴等行业宏观调控的行业集中收入累计结余4.37亿元，未纳入部门预算管理。
民航总局所属空管局问题涉及：违规购置办公楼并转移资产，有关人员涉嫌私分公款；挪用偿债准备金两亿元违规放贷，获利279.90万元；长期挪用民航基金。审计署还指出，民航总局未完全落实以往审计决定。1996年7月至1998年8月，民航总局挪用民航基金6.61亿元，通过其所属金飞民航经济发展中心等单位购建五星级酒店——京瑞大厦。1999年，审计署作出审计决定，要求民航总局收回上述挪用款项，截止2004年底，仍有9945万元尚未收回。
国家物资储备局用国家的钱买股票
1995年，国家物资储备局以进口物资为名，拨付该局深圳办事处所属深圳华储实业公司购货款7600万元，实际有7545.60万元被用于购买香港某公司持有的股票。
1992年以来，国家物资储备局下属单位深圳华储实业公司变卖其从国储局借入的储备物资后，将获得的收入等共计7147.25万元投资海南、武汉等地房产及购买土地，因房产已成烂尾楼，土地长期闲置，目前已累计亏损432.81万元。
此外，1997年，国家物资储备局另一家下属单位、北京华储物资公司将3000万元银行贷款通过成都某公司投资于房地产，后因该公司被注销，仅收回730万元，加上利息共计损失2884.04万元。北京华储物资公司还投资4100万元修建高速公路及房地产，净损失2971万元。
截止2004年8月，国储局尚有借出储备物资约14.04亿元逾期未收回。
教育部所属单位违规收费1.54亿元
2003年至2004年，教育部一些所属单位未经批准自行收费1.54亿元，其中全国大学英语四六级考试委员会向各地主考单位归集英语四六级考试费1.4亿元、北京语言大学收取汉语水平考试费1293.93万元、北京师范大学收取人文社科项目鉴定评审费118.52万元、教育部学位与研究生教育发展中心收取评审费85.38万元。
科学技术部转移1500万元科技经费只为报销餐费交通费
截止2004年底，科技部办公厅、基础研究司、条件财务司共将财政预算安排的科技资金1500万元，转移存放在钢铁研究总院、中国农业科学研究院蔬菜花卉研究所、北京理工大学等单位，并由其支配使用，脱离部门财务监管。至审计时，这些司(厅)已从中报销各种费用404.40万元，向其他单位拨款379万元，结余716.60万元。
科学技术部有关下属单位违规使用863计划课题经费2632.50万元投资办企业。
2004年3月，科技部在安排年度预算时，76.25亿元科技专项资金中仅有18.18亿元落实到具体单位和项目。至2004年末，历年结余的科技专项资金6.19亿元仍滞留在科技部本级。
1998年7月，原中国生物工程开发中心(现为中国生物技术发展中心)在代行分配863计划生物领域资金过程中，虚列3个科研项目，套取财政资金800万元用于与民营企业共同开办公司。有关下属单位预算编制不实。
2001年至2004年间，中国科技促进发展研究中心在《若干重点产品技术贸易措施研究》等课题预算中编列所谓“试制费”、“燃料动力费”、“测试及化验费”等，共取得财政资金647万元。至2004年末，这些课题实际均未发生上述支出。
部分所属单位科研课题预算编制过大，造成较多结余。
国土资源部违规投资2.4亿元建大厦
2002年，国土资源部未经国务院批准，自行批准所属航遥中心自筹资金2.4亿元建设办公楼——航遥大厦，截止审计时，已累计完成投资6760万元。
另外该部门还存在住房公积金预算编报与实际执行差距太大，结余1.12亿元；采矿权价款催缴不力，欠收1.2亿元；部门预算12.85亿元至年底仍未执行等问题。
国家旅游局违规批建分校
2003年至2004年，为回避国家发改委审批，国家旅游局先后批准所属中国旅游管理干部学院投资2900万元建设涿州分院、机关服务中心投资2700万元建设涿州后勤基地，至2004年底，已完成投资1265.29万元。
国家旅游局违反“收支两条线”，截止2004年底，违规收费1111.59万元。其通过境外办事机构将622.92万元财政资金转入机关服务中心。近年来，其未按规定用途使用的资金和在无预算安排的情况下拨款达2598万元。其信息中心部分干部违规兼职。
国家自然科学基金1.1亿元预算资金成呆坏账办公司赔了1190万元国有资产
1994年至1998年，自然科学基金会将预算资金存入6家非银行金融机构，由于非银行金融机构资不抵债被清算、存款被诈骗等原因，截止2004年底，尚有1亿元本金未收回。另外，自然科学基金会利用国家自然科学基金，有偿资助科技成果转化，截止2004年底尚有1000万元本金未收回。
1998年至1999年，自然科学基金会将对所属方德公司的借款1190万元转作对方德公司的投资。后因方德公司严重亏损，经清算，确认投资已无法收回，形成国有资产损失。
此外，其预算资金拨付率低，2004年财政资金结存20.22亿元。其向财政部编报项目支出预算21.6亿元，却未细化到具体项目，并滞留专项资金1.16亿元。
中国红十字会总会下属中心违规收费连白血病患者都不放过
中国红十字会总会未经批准收费941.65万元。其中2003年至2004年，其所属中国造血干细胞捐献者资料库管理中心向白血病患者收取“检索相合费”和“管理服务费”81.99万元。2000年至2004年，所属机关服务中心在赈灾物资采购中向供货单位收取“服务费”778.93万元。
2003年至2004年，中国造血干细胞捐献者资料库管理中心还将财政部拨付的用于检测项目的彩票公益金购置小轿车、旅行车63.31万元，列支办公用房租金59.61万元。
2003年至2004年，其未执行补助地方网络建设项目预算1500万元。
中国科学院下属单位公款积存300多万元
中科院2004年预算中，有21.54亿元年初未细化到具体项目及执行单位。在未安排预算的情况下，拨付所属空间科学与应用研究中心知识创新经费2100万元。所属光电研究院等单位5333.40万元基建资金未在报表中反映；所属自动化研究所账表少反映490.86万元对外投资。
中科院下属杂志社公款私存300余万元，1995年8月以来，其所属中国科学杂志社的财务负责人将邮汇到杂志社的“版面费”等存入个人储蓄账户，截止2004年底，累存336.48万元。所属科学出版社等单位违规出借资金1129.01万元。
农业部下属单位用项目资金投资房地产面临损失
1993年至1994年，农业部所属全国畜牧兽医总站与中国种畜进出口公司合作，将项目资金317.5万元投资房地产，由于合作项目停工，且时间已超过10年，资金面临损失。
2004年，农业部所属农科院科技管理局用国家“九五”、“十五”攻关课题经费结余37.89万元，购置小轿车。
另外，该部2004年年初预算未细化到具体项目或单位16.98亿元；所属单位挤占行政事业类项目资金1207.41万元；所属单位虚列支出184万元。
卫生部下属单位拿专项结存资金近200万元买汽车
2003年至2004年，卫生部所属卫生监督中心未经批准，动用其管理的健康相关产品评审项目结存资金191.83万元，购置帕萨特等轿车6辆、别克面包车1辆。
2002年至2004年底，其闲置财政专项资金6.33亿元；预算编制未细化到具体项目和单位9822.51万元；本级481.07万元专项经费长期由下属单位代管；1292.05万元行政事业性收费未执行“收支两条线”管理规定。
国务院国有资产监督管理委员会下属单位用900多万元公款买了分红保险、投资基金
2004年，国资委管理的中国纺织工业协会用900多万元购买了分红保险和投资基金。
截止2004年11月末，国资委管理的中国建筑材料工业规划研究院和中国纺织工业协会私设“小金库”90多万元。
此外，其管理的一些单位多报领预算资金3106.12万元；未经批准调剂使用预算资金230万元。
外交部
1994年，外交部在某投资公司存入4笔定期存款共计3000万元，期间收回本息1734万元，后因该公司被撤销，剩余本息1900万元面临损失。
2004年，外交部在日常公用经费中，列支未列入财政部核定预算的办公楼、培训中心等改扩建工程支出1880.30万元。另外，外交部将2004年底前预拨给北京尚志建筑装饰工程有限责任公司的工程材料款2788.20万元，列为当年工程项目支出。
国防科学技术工业委员会
2004年，国防科工委机关超预算支付物业管理费1150万元，北京航空航天大学和北京理工大学在元相应预算的情况下，从专项经费中支出人员费用173.12万元和73.94万元。此外，北京理工大学基本建设自筹资金不到位，占用其他项目财政资金3718.06万元，还私设“小金库”137.80万元。国务院机关事务管理局
2004年初安排中央预算内投资计划预留比例为当年投资计划的7.96%，超过了国务院规定的3%的比例；2001年至2004年，所属住房资金管理中心违规出借和批准使用售房款2202.26万元。
公安部
对外借款218.06万美元、4210万元人民币未及时收回。该部已责成有关部门正在对长期挂账的借出款项进行清理。
司法部
未批复所属单位预算1.4亿元，未及时清理往来款项1489.09万元。
建设部
所属中规院自筹基建支出5195.5万元未纳入当年预算；所属中规院对外投资200万元存在风险；建设部机关服务中心687.22万元经济适用房配售款未按规定实行专户管理；所属中国工程建设标准化协会私设“小金库”30.73万元。
中国社会科学院
2004年，社科院为所属38个二级预算单位代编代报预算草案，涉及金额2.47亿元；截止2004年底，社科院本级和工业经济研究所等32个所属单位未经财政部门核准，违规开设43个银行账户；经济管理出版社出借银行账户，累计发生额629.81万元；部分所属单位年末结余少反映资金2294.99万元。中国地震局
2004年，部门预算中为经费自理单位编报基本支出预算230.77万元；在部门预算中为所属机关服务中心重复编报基本支出预算770.03万元；中国数字地震观测网络项目预算执行率低。
国家电力监管委员会
2004年，违规多报人员经费预算222.16万元；未经批准自行调整项目预算585万元；虚列支出122.3万元，少计固定资产1709.06万元。
中国残疾人联合会
财政性结余资金8200多万元未纳入预算管理；向下属单位收取的管理费355万元未纳入本级财务统一核算；部分项目支出未严格执行预算。
中国法学会
挤占财政专项资金45.3万元；会议费收入62万元未纳入本级财务统一管理；未结转收入197.37万元。
水利部
水利部2004年初基本建设支出40.41亿元预算资金年初未细化到单位或项目；1.2亿元基建预拨款长期挂账；2004年，用财政资金926万元安排所属经费自理事业单位基本支出；2004年，未及时拨付水利建设基金14.17亿元和库区建设基金3.41亿元；超范围安排水利前期工作投资计划457万元；未严格按程序下达水利前期工作投资计划1425万元。
此外，水利部所属小浪底建设管理局未经批准修建综合服务楼；中国水利水电科学研究院6个基本建设项目进展缓慢，影响资金使用效益。
商务部
有些项目预算编制不实、结余过大，影响财政资金使用效益；未经报批，商务部所属中国食品土畜进出口商会向其会员企业收取发展基金1501.99万元；部分所属单位未按规定及时上缴配额招标收入。
国家质量监督检验检疫总局
2004年，所属北京出入境检验检疫局等单位挤占挪用财政专项资金388.74万元用于购置办公家具，交物业费和信息化建设。此外，该局未及时批复所属单位预算2.62亿元；所属中国计量科学研究院自行调整科研项目预算658万元；未落实科研配套资金4896万元。
国家环境保护总局
2003年至2004年，其所属中日环保中心多报项目支出预算128.44万元，所属环境工程评估中心、环境监测仪器质量检验中心违规收费1244.57万元。另外，该局未经审批，自行建设投资规模3520万元的综合服务楼；本级及所属单位未按规定使用财政资金2903.1万元；项目预算执行缓慢，闲置财政资金2.83亿元。
国家广播电影电视总局
该局及所属4个单位多报领住房公积金预算9084.57万元，形成专项结余；该局未向所属单位批复“其他广播电影电视事业费”预算2.75亿元。此外，广电集团多报领人员经费和公用经费预算3367.12万元；网络中心未经批准，转让原值1120万元的国有股权，违规处置转让收入；网络中心违规建设项目；部分所属单位执行预算不严格。
信息产业部
至2004年底，该部行业职业技能考试资料工本费289.01万元未及时缴入财政专户；2003年、2004年，未按规定程序申报项目预算4.35亿元。此外，中国电子信息产业发展研究院科研楼改造工程未按规定审批和实行招投标。
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